Wie kommt ihr darauf, dass die Lichtmaschine bei intaktem Regler eine Überspannung erzeugen kann? Das ginge doch nur, wenn sie irgendwie am Regler vorbei mit einer Erregerspannung versorgt würde. Ein solcher, ggf. temporärer Kurzschluss sollte sich dann aber auch mittels Sichtprüfung lokalisieren lassen.
Das ist möglich! Durch eine defekte Lötstelle am Bürstenhalter. Der Regler selbst hat dadurch vermutlich zeitweise keine Masse. Die Erregerwicklung bekommt aber durch die Ladekontrolle die volle Spannung. Beim Testen konnte man das durch Wackeln am Regler reproduzieren. Im Fahrbetrieb wirken sich die Vibrationen entsprechend aus.
Wie bereits erwähnt, wäre ich vorsichtig mit dem Tausch der Batterie, solange die Frage der Überladung nicht geklärt ist.